Σκοπός της παρούσας εργασίας είναι η ανάλυση των αλληλεπιδράσεων μεταξύ των ενζύμων και των προσδετών με στόχο την πρόταση νέων φαρμακευτικών μορίων. Επίσης σημαντικό τμήμα της εργασίας είναι η αναγνώριση κοινών λειτουργικών στοιχείων (δημιουργία δεσμών υδρογόνου) στις δύο πρωτεΐνες. Η μελέτη στηρίχθηκε στη χρήση διαφορετικών υπολογιστικών τεχνικών (πχ 3D-QSAR και μοριακή δυναμική). Ο υπολογισμός της ενέργειας πρόσδεσης στα διάφορα σύμπλοκα της ρενίνης και της HIV-1 πρωετάσης έγινε με τη χρήση της μεθόδου MM–PBSA ενώ η μέθοδος της θερμοδυναμικής ολοκλήρωσης χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση της επίδρασης μεταλλάξεων στην πρόσδεση της σακουιναβίρης στην HIV-1 πρωτεάση. Ένα από τα σημαντικότερα ευρήματα αποτέλεσε η αναγνώριση κοινών λειτουργικών στοιχείων των ασπαρτικών πρωτεασών μέσω της ανάλυσης της επίδρασης των φαρμάκων νταρουναβίρης (AIDS) και αλισκιρένης (υπέρταση) στα δύο ένζυμα. Αυτό υποστηρίζεται περαιτέρω από τη διττή ανασταλτική δράση του αντιδιαβητικού φαρμάκου καναφλιφλοζίνης στη ρενίνη και στην HIV-1 πρωτεάση όπως προκύπτει από την ευνοϊκή μεταβολή ελεύθερης ενέργειας στην πρόσδεση.
