gre URI http://hdl.handle.net/10795/1974 βιοχημεία προσομοίωση πληροφορική εφαρμοσμένη πληροφορική Ο στόχος και σκοπός της Ε.Ε.3 είναι να σχεδιαστεί και να αναπτυχθεί μια πρωτότυπη πιλοτική υπηρεσία ιστού που να επιτρέπει σε απομακρυσμένους χρήστες να υποβάλουν βιομοντέλα βιολογικών δικτύων τα οποία βρίσκονται σε SBML (Systems Biology Markup Language) [6] μορφή, μαζί με επιθυμητές παραμέτρους για στοχαστική προσομοίωση αυτών πάνω στα συστήματα σε ψηφίδα (System on Chip – SoC) υλοποιημένα για συσκευές FPGA που αναπτύξαμε για την Ε.Ε.1. Τα υποβληθέντα αρχεία SBML θα πρέπει να αναλύθούν και στη συνέχεια να ξεκινήσουν στοχαστικές προσομοιώσεις στο FPGA υλικό, είτε σε SSIP (Single Simulation in Parallel) είτε σε MSIP (Multiple Simulations In Parallel) τύπο λειτουργίας. Μετά την ολοκλήρωση της προσομοίωσης, ο διακομιστής (server) θα πρέπει να επιστρέφει πίσω τα αποτελέσματα στους χρήστες για περαιτέρω ανάλυση. Ένας τέτοιος διακομιστής δεν υπήρχε μέχρι σήμερα και αποτελεί παγκόσμια πρωτοτυπία και πολύ χρήσιμη υπηρεσία για τη επιστημονική κοινότητα της συστημικής βιολογίας καθώς θα επιτρέπει την αποδοτική και επιταχυνόμενη στοχαστική προσομοίωση αληθινών βιομοντέλων σε μορφή SBML χωρίς ο χρήστης να χρειαστεί να ρυθμίσει, πόσο μάλλον να διαθέτει γρήγορους πολύ-νηματικούς επεξεργαστές ή σύμπλεγμα αυτών ή κατάλληλο SoC στοχαστικής προσομοίωσης πάνω στο FPGA υλικό. Όπως δείξαμε και στη Δράση 1.3, τα SoC στοχαστικής προσομοίωσης που σχεδιάσαμε και υλοποιήσαμε για συσκευές FPGA που εκτελούν προσομοιώσεις βιολογικών συστημάτων πολύ πιο αποδοτικά από οποιοδήποτε άλλο λογισμικό προσομοίωσης όπως π.χ το COPASI. 32 pp. LOMv1.0 Scientific Coordinator LOMv1.0 Project Deliverable Number Π 3.1 LOMv1.0 Project Final Beneficiary LOMv1.0 Project Executing Organisation 2015-10-31 Digital Library of the Operational Programme "Education and Lifelong Learning" abstract types Text Υπηρεσία ιστού Βιολογία συστημάτων Βιομοντέλα Βιολογικά δίκτυα Στοχαστική προσομοίωση Συστήματα σε ψηφίδα System on Chip – SoC Συστημική βιολογία Συσκευές FPGA Πολυπύρηνος επεξεργαστής 1106154 application/pdf http://repository.edulll.gr/edulll/bitstream/10795/1974/2/1974_StochSoCs_3828_P31-Yphresia_istou_gia_stoxastiki_prosomoiwsh.pdf URI http://hdl.handle.net/10795/1974 LOMv1.0creator 2016-02-17T12:47:31Z LOMv1.0validator 2016-02-17T12:47:31Z LOMv1.0 gre no no Copyright EYD-EPEDBM (Operational Programme "Education and Lifelong Learning")